Im Archiv ist die bald 400-jährige Geschichte des Musikkollegiums seit seiner Gründung 1629 mit handschriftlichen und gedruckten Zeugnissen, Tonträgern und Bildern dokumentiert. Über die lokale Perspektive hinaus umfasst das Archiv auch Briefwechsel von internationaler Bedeutung.
Die Notensammlung des Musikkollegiums schliesst Handschriften und Drucke vom 16. Jahrhundert bis in die Gegenwart ein. In der angegliederten Notensammlung Werner Reinharts finden sich Handschriften im Rang von Weltkultur.
Das Musikkollegium besitzt mehrere bedeutende Streichinstrumente, unter anderem ein vollständiges Quartett des Tiroler Geigenbauers Jakob Stainer (um 1619–1683). Eine besondere Rarität ist die Taktstocksammlung des langjährigen Orchesterdieners Jakob Stenz.
