Im Archiv werden die handschriftlichen und gedruckten Dokumente zum Wirken und zur Organisation des Musikkollegiums aufbewahrt. Das älteste Zeugnis ist das Wappenbuch, das 1660 angelegt und bis in die Mitte des 19. Jahrhunderts fortgeführt wurde. Es ist Mitglieder-, Instrumenten- und Notenverzeichnis in einem und enthält auch die ersten «Statuten» des Kollegiums. Die Protokolle des Vereins reichen bis 1684, die Rechnungsbücher bis 1753 zurück. Das Wirken des Berufsorchesters (gegründet 1875) und der Betrieb des Konservatoriums (gegründet 1873) sind mit Akten, Programmen und Zeitungskritiken bis in die Gegenwart dokumentiert.

Neben den Akten des Musikkollegiums sind im Archiv auch Nachlässe von Musikern, Musikdirektoren und weiteren Personen aus dem Umfeld des Musikkollegiums enthalten. Als ein Kulturerbe von Weltrang ragt der Briefwechsel Werner Reinharts (1884–1951) heraus. Er dokumentiert in rund 50 000 Briefen die Kontakte des Winterthurer Musikmäzens zu allen Grössen des Musiklebens der 1920er- bis 1940er-Jahre.

Dem Archiv sind weitere Sammlungen zugeordnet:

• Die Kunstsammlung Werner Reinharts. Sie umfasst rund 500 Bilder und Zeichnungen seiner Malerfreunde Alice Bailly, Karl Hofer, Théodore Strawinsky, Alexandre Cingria, Ernst Georg Rüegg, Gustav Gamper und vieler mehr. Die wichtigsten Bildergruppen von Alice Bailly und Karl Hofer sind in der Villa Rychenberg ausgestellt.
• Das Tonträgerarchiv des Musikkollegiums. Es dokumentiert seit 1970 die Tätigkeit des Winterthurer Orchesters und enthält auch ältere Aufnahmen auf Tonbändern und Schallplatten.
• Die Schallplatten- und CD-Sammlung des Journalisten und Musikkritikers Georg Ruckstuhl (1926–1999). Mit rund 8000 Einheiten bildet sie das internationale Musikschaffen in der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts repräsentativ ab.

Zu allen Sammlungen bestehen Verzeichnisse. Bei Interesse am Archiv und den Sammlungen nehmen Sie bitte via archiv@musikkollegium.ch mit den zuständigen Personen Kontakt auf.