Das Musikkollegium Winterthur wurde 1629 gegründet. Es ist damit eine der traditionsreichsten musikalischen Institutionen Europas, welche weder auf höfische noch auf kirchliche Initiative hin entstand. Ursprünglich ein reines Laiengremium, entwickelte sich die musikalische Vereinigung im Laufe der Jahrhunderte durch allmähliche Beiziehung von ausgebildeten Musikern zu einem Ensemble, das sich auch an anspruchsvolle Werke heranwagte (z.B. „Das Paradies und die Peri“ von Robert Schumann). Der konsequente nächste Schritt war dann die Gründung eines Berufsorchesters mit dem Namen „Stadtorchester Winterthur“ (1875). Zu Beginn des 21. Jahrhunderts hat sich dieses – in bewusster Anknüpfung an seine Anfänge – in „Musikkollegium Winterthur“ umbenannt, eine Bezeichnung, die auf Auslandreisen sowie auf Tonträgern schon seit einem halben Jahrhundert für das Orchester verwendet wurde. Seit diesem Namenswechsel bezeichnet sich die Trägerschaft des Orchesters ganz bewusst als „Verein Musikkollegium Winterthur“.

Im Zentrum des Repertoires des Orchesters stehen heute – aufgrund seiner Grösse von 50 Musikerinnen und Musikern – Klassik und Frühromantik sowie Werke des 20. Jahrhunderts. Mit seinen Chefdirigenten Franz Welser-Möst (1987-1990), János Fürst (1990-1994), Heinrich Schiff (1995-2001) und Jac van Steen (2002-2008) hat sich das Ensemble zu einem führenden Schweizer Klangkörper entwickelt. Seit 2009 ist Douglas Boyd Chefdirigent des Musikkollegiums Winterthur. Erste gemeinsame Projekte umfassten – neben den vereinseigenen Konzerten in Winterthur – eine Produktion für das Opernhaus Zürich, Tourneen nach Deutschland und Spanien sowie diverse CD-Aufnahmen.

Das Orchester gibt pro Saison etwa 70 Konzerte, davon rund 40 in Winterthur im Rahmen der eigenen Vereinskonzertreihen im Stadthaus Winterthur, einem Meisterbau von Gottfried Semper. Die Konzertstruktur, die sich konsequent nach Zielgruppen orientiert, hat die Position des Musikkollegiums Winterthur als innovativer Konzertveranstalter gestärkt. Zunehmend ist das Ensemble bei bedeutenden Konzertreihen im In- und Ausland zu Gast. Die Zusammenarbeit mit dem Opernhaus Zürich erlaubt dem Orchester, sich regelmässig im Opernbereich zu profilieren.

Berühmte Solisten wie Emanuel Ax, Daniel Hope, Janine Jansen, Fazil Say oder Jean-Yves Thibaudet schätzen die kontinuierliche Zusammenarbeit mit dem Musikkollegium Winterthur. Besondere Bemühungen unternimmt das Orchester bei der Förderung junger Solistinnen und Solisten. Herausragenden Talenten wie Teo Gheorghiu oder Kit Armstrong bietet der Verein Musikkollegium Winterthur Projekte über mehrere Saisons an.

Mit seiner exemplarischen Jugendarbeit hat das Musikkollegium Winterthur in den letzten Jahren eine Vorreiterrolle in diesem Bereich erlangt, für die es bereits mehrere Preise entgegennehmen durfte. Neben einem vielfältigen Veranstaltungsangebot wurden auch Buch-, CD- und DVD-Projekte sowie ein Dokumentarfilm realisiert.

In der ersten Hälfte des 20. Jahrhunderts prägten der Mäzen Werner Reinhart und der Dirigent Hermann Scherchen die Geschicke des Orchesters wesentlich. Bedeutende Komponisten wie Strauss, Strawinsky, Schoeck oder Webern komponierten für das Musikkollegium Winterthur. Autographe dieser Komponisten sowie zahlreicher anderer von Werner Reinhart geförderter Tonschöpfer bilden den Kern des Archivs der Rychenberg-Stiftung, das zusammen mit dem Archiv des Vereins Musikkollegium (hier liegen u.a. 140 Originalbriefe von Brahms) eine der bedeutendsten musikalischen Privatsammlungen Europas bildet.

Neben und nach Scherchen pflegten Dirigenten wie Wilhelm Furtwängler, Fritz Busch, Joseph Keilberth und Armin Jordan langjährige Beziehungen zum Musikkollegium Winterthur. Heute arbeiten Bernard Labadie, Theodor Guschlbauer, Heinz Holliger, Michael Sanderling und Mikhail Pletnev regelmäßig als Gastdirigenten. Konzerte mit Musikern wie Vladimir Ashkenazy, Rudolf Buchbinder, András Schiff oder Maurice Steger, die in Doppelfunktion als Solist und Dirigent auftreten, ergänzen das künstlerische Profil.